سه دسته بزرگ از اینترفرون ها وجود دارند که عبارتند از : آلفا ، بتا وگاما. اینترفرون گاما سیستم ایمنی راتحریک می کند و موجب بدتر شدن MS می شود. اینترفرون بتا موجب فروکش کردن فعالیت سیستم ایمنی شده ودر MS مفید است.
ابتدا اینترفرون بتا 1b (بتاسرون یا بتافرون )و پس از آن اینترفرون بتا 1a (آونکس وربیف) ساخته شد.اینترفرون ها ی بتا باعث کاهش میزان عود ، افزایش زمان بین حملات و کاهش شدت حملات می شوند. ضمن اینکه میزان تراکم ضایعات را در MRI کاهش می دهند. علی رغم این اثرات عمده هیچ مدرکی دال براینکه اینترفرون ها MS را بهتر می کنند وجود ندارد. در واقع این داروها پایدارکننده وضعیت بیماری هستند. گرچه در سالهای اخیر مشخص شده که اینترفرون های بتا نظیر بتافرون می توانند مختصری از پیشرفت بیماری جلوگیری کنند و آونکس هم ازمیزان آتروفی وکوچک شدن مغز می کاهد.
گرچه هنوز بحث هایی بر سر اینکه کدام اینترفرون برای چه کسی مناسبتر است وجود دارد،اماواضح است که می توان بااستفاده از اینترفرون ها روی سیر طبیعی بیماری تاثیر گذاشت. بسیاری از مبتلایان به MS عودکننده نیازی به مصرف فوری اینترفرون ها ندارند.زیراامکان دارد این افراد بدون هزینه کردن وبدون اثرات جانبی این داروهای بیولوژیک هم وضعیت کاملا پایداری پیدا کنند. البته بهتر است باتوجه به احتمال پیشرفت آتروفی مغز وتخریب رشته های عصبی از ابتدای بیماری ،پس از تشخیص قطعی بیماری هر چه سریعتر از اینتر فرون ها استفاده نمود.
این تصمیم مهم باید توسط پزشک وبرای هربیمار وبرپایه  ویژگی های فردی وویژگی های بیماری وی اتخاذ شود. سه اینترفرون بتای مورد استفاده در دنیا عبارتند از: آونکس(فرم 1aوتزریق عضلانی است)،ربیف(که 1a زیرجلدی است)،وبتافرون یابتاسرون(که 1b وزیر جلدی )است.
اینترفرون ها ممکن است اثرات جانبی مثل تب،ضعف،واندکی حالت تهوع داشته باشند. بتا فرون ممکن است موجب واکنش پوستی در محل تزریق شود.افسردگی هم امکان دارد درهمراهی با اثرات جانبی دیگر وجود داشته باشد. امکان دارد علائم MS با شروع تب بدتر شوند. همه این اثرات جانبی قابل کنترول هستند ودر ادامه درباره آنها بحث می شود. دربعضی مبتلایان بهMS عودکننده برای اجتناب ازاثرات جانبی که ممکن است بیش از حد باشد یا بخاطر اینکه اینترفرون ها بی اثرند،نیازی به استفاده از اینترفرون ها نیست.در عوض در این بیماران گلاتیرامر استات (کوپاکسون)جایگزین بسیار خوبی است. این دارو به صورت تزریق زیر جلدی روزانه تجویز می شود.مطالعات نشان داده که این دارو همچنین میزان حملات را کم کرده و امکان دارد ضایعات را هم درMRI کاهش دهند. این داروباید همراه با اینترفرون ها ،به عنوان  داروهای خط اول درنظر گرفته شود.تصمیم درمورد مصرف این داروها آسان نیست وباید به طورکامل باپزشک متبحر ومطلع ،مورد بحث ومشورت قرار گیرد.